Bio je, takođe, prvi komandant OVK koji je, po povlačenju jugoslovenskih snaga bezbednosti juna 1999. godine, ušao u Prištinu i u naselju Grmija uspostavio štab, odakle je "komandovao" gradom narednih nekoliko dana, dok njegove vojnike nisu razoružali pripadnici Kfora.

Tokom rata na Kosovu, njegove jedinice preuzimale su odgovornost za napade na policiju i prekidanje saobraćaja na putu Priština-Podujevo.

Neposredno nakon rata, policija Unmika u nekoliko je navrata istraživala njegove aktivnosti, uključujući navodno reketiranje vlasnika radnji i restorana, ali su istrage prekinute kada su čelnici misije UN procenili da bi njegovo hapšenje moglo da dovede do sukoba između bivših pripadnika OVK i pripadnika međunarodnih misija na Kosovu.

Prva optužnica protiv komandanta OVK!?

Kao i većina njegovih saboraca, Mustafa je posle rata prešao u političke vode, pa je u Tačijevoj Demokratskoj partiji Kosova obavljao niz značajnih funkcija, uključujući mesto poslanika u parlamentu i šefa odbora za unutrašnja pitanja i bezbednost.

Sa Ljatifom Gašijem i Nazifom Mehmetijem uhapšen je i osuđen na četiri godine zatvora jer su od oktobra 1998. do kraja aprila 1999. godine vodili logor u selu Lapaštica, gde su mučili i prebijali lokalne kosovske Albance, pokušavajući da ih nateraju da priznaju da nisu bili lojalni ciljevima tzv. "Oslobodilačke vojske Kosova".

Rustem Mustafa je visoki zvaničnik Demokratske partije Kosova Hašima Tačija, a u trenutku kada je počelo novo suđenje bio je zamenik predsednika te stranke zadužen za organizaciona pitanja.

 Nakon početka suđenja, tadašnji kosovski premijer i nekadašnji politički lider OVK Hašim Tači rekao je da je uveren da će trojica nekadašnjih gerilaca biti oslobođeni.

Suštinski, trojica bivših lidera OVK optužena su za zatvaranje ukupno 13 osoba u maloj baraci, gde su ih mučili. Tela petorice kasnije su pronađena u blizini logora, a obdukcijom je utvrđeno da su ubijeni hicima u glavu i grudi. Jedno telo nikada nije pronađeno.

Trojica bivših komandanata OVK osuđeni su i za zlostavljanje zatvorenika u logoru Koljić, a Rustem Mustafa i Nazif Mehmeti su osuđeni i za mučenje Milovana Stankovića u selu Bara na Bajgori, od koga su pokušali da iznude priznanje da je radio protiv OVK i od njega dobiju određene informacije.

"Stanković je bio običan šumar, koji se našao usred konflikta i koga je početkom avgusta 2008. godine zarobila OVK. Zaslužio je pristojan tretman, ali je, umesto toga, za 65 dana provedenih u logoru Lapaštica bio neprestano maltretiran", rekao je međunarodni tužilac Robert Din.

Jedan od ključnih dokaza u ovom slučaju bio je dnevnik koji je tokom rata vodio Naim Kadriu, koji je takođe bio optužen u ovom slučaju, ali je u međuvremenu umro. U tom dnevniku potanko je opisano kako su ti ljudi, pod optužbom da su saradnici srpskih tajnih službi, mučeni i ispitivani.

Trojica lokalnih komandanata OVK za oblast oko Podujeva odbacila su krivicu, optužujući srpske tajne službe za podmetanje.

Ovo je bilo drugo suđenje za ovaj slučaj, jer je kosovski Vrhovni sud ukinuo prethodnu presudu, donetu 2003. godine, kada je Mustafa osuđen na 17 godina robije, Gaši na deset, što je gotovo dovelo do pobune veterana OVK u okolini Podujeva.

Ime Rustema Mustafe pojavljuje se na američkoj "crnoj listi" osoba koje "predstavljaju opasnost po stabilnost Balkana", ali i na listi pripadnika tajne službe "Šik", koju je nakon rata kontrolisala DPK.