Bataković je rođen u Beogradu, gde je završio studije istorije na Filozofskom fakultetu 1982. i magistrirao 1998, a doktorirao je 1996. godine na Sorboni u Parizu.

U Istorijskom institutu radio je od 1983. do 1992. godine, kada prelazi u Balkanološki institut SANU. Bio je član uredništva Književne reči, Zadužbine i Književnih novina.

Od aprila 1998. na Filozofskom fakultetu u Beogradu predaje Uvod u istorijske studije i Opštu istoriju novog veka. Posle mandata ambasadora u Grčkoj (2001-2005), Bataković je u julu 2005. imenovan za savetnika predsednika Srbije.

U oktobru 2005. godine izabran je za direktora Balkanološkog instituta SANU, a na toj funkciji je ponovo
od februara 2013.

Bio je član Državnog pregovaračkog tima o budućem statusu Kosova i Metohije od novembra 2005. do jula 2007. godine, kada je imenovan za ambasadora Srbije u Kanadi.

U januaru 2009. godine postavljen je za ambasadora Srbije u Francuskoj, i na toj funkciji je bio do 2012.

Bataković je bio i šef delegacije Srbije pri Međunarodnom sudu pravde u Hagu od 2009-2011. godine.

SAUČEŠĆE ŠEFA DIPLOMATIJE

Vršilac dužnosti predsednika Vlade i ministar spoljnih poslova Ivica Dačić uputio je telegram saučešća porodici Dušana Batakovića.

"Primite moje iskreno saučešće povodom gubitka oca. Ostaće upamćen kao vrsan diplomata i odličan poznavalac istorije Balkana koji je još mnogo mogao da ponudi svojoj zemlji. Saosećam u Vašem bolu", navodi se u telegramu saučešća šefa srpske diplomatije.