Mijatović je na suđenju za oružanu pobunu 2001. godine, rekao da je cela tadašnja Vlada, osim časnih izuzetaka, bila impresionirana tom jedinicom i njenim komadantom.

"Njihov pogled na jedinicu bio je takav da je JSO jednako DB, a ne da je to samo deo od 1.300 operativaca po celoj Srbiji. U Vladi je vladala impresija Jedinicom i njenim komadantom Miloradom Ulemekom Legijom, rekao je Mijatović, svedočeći u Specijalnom sudu u Beogradu.

On je detaljno ispičao svoja saznanja u vezi sa protestom, odnosno pobunom JSO .

Mijatović je tvrdio da do pobune nije ni znao da je JSO hapsila braću Banović, jer se nije bavio tim slučajem uopšte, mada je znao da će akciju obaviti ljudi iz Službe. (hapšenje I izručenje Banovića Haškom tribunalu bio je, kako JSO tvrdi, neposredni razlog za protest, jer su oni mislili da hapse kriminalce, a ne haške optuženike, posebno što u to vreme nije postojao Zakon o saradnji s haškim tribunalom).

Za transfer Banovića, Mijatović je naveo da je čuo "u vestima".

"Isto veče me je pozvao tadašnji okružni tužilac Rade Terzić da pita ko je uhapsio i na osnovu kog zakona. Rekao sam mu malo kroz šalu da su ih hapsili naši ljudi po istom onom zakonu po kome je i Slobodan Milošević isporučen Hagu", rekao je Mijatović.

Nakon incidenta u diskoteci u Kuli, a potom i u klubu "Stupica" u Beogradu, koje je izazvao tadašnji komadant JSO Ulemek Legija, Služba je sa njim sklopila dogovor da ode u penziju.

"Legija je bio neprikosnoveni komadant Jedinice, on je svoj posao sjajno radio.Bio je strog, čovek koga su pripadnici veoma uvažavali, jedino što mi se ne sviđa je to što je radio i neke druge stvari", ispričao je bivši zamenik načelnika DB-a.

Prema njegovim rečima, fascinacija Legijom članova Vlade nikad nije prestala.

Nakon penzionisanja Legije izbili su problemi na jugu Srbije, ispričao je Mijatović, navodeći da je Nebojša Čović insistirao da Ulemek ide na taj teren.

O problemu sa JSO obavestio ga je načelnik resora DB-a Goran Petrović, ali to je , kako je naveo Mijatović, predstavio kao "neko trabunjanje pripadnika koji se nedefinisano bune oko braće Banović".

Nakon toga Mijatović je krenuo u Vrnjačku Banju sa suprugom i unukom u pratnji dva pripadnika JSO koji su ga obavestili da su pozvani u Kulu na sastanak, ali nisu otišli.

Mijatović je ispričao da mu je Petrović rekao da se ne vraća iz Vrnjačke Banje, tako da se o događijima u Kuli tokom vikenda informisao preko medija.

U ponedeljak je Jedinica došla pred Sava centar i on je na molbu ministra unutrašnjih poslova Dušana Mihajlovića otišao tamo.

"Oni su mi izložili svoje zahteve - da se donese Zakon o saradnji s Haškim tribunalom, kao i da Dušan Mihajlović podnese ostavku. Niko nije tražio moju i Goranovu (Petrovića) ostavku", rekao je Mijatović, napominjući da Ulemek ima veze sa pobunom.

Da bi istražio ko stoji iza pobune, Mijatović je rekao da je zvao Vladimira Bebu Popovića da mu ugovori satanak sa Ljubišom Buhom Čumetom (kasnije svedokom-saradnikom i članom "Zamunskog klana").

Našli su se kod Popovića u stanu , "gde je Čume malo dramio".

Mijatović je napomenuo da on nije čestvovao u pregovorima sa JSO u Kuli, ali da mu je bilo neobično što premijer Zoran Đinđić u Kulu ide da pregovara sa JSO bez prvog čoveka službe Gorana Petrovića.

Nakon kolegijuma 13. novembra 2001. koji je sazvao Mihajlović i na kome je podelio stenograme svim načelnicima da je pobuna izbila zbog hapšenja braće Banović, Mijatović je Mihajloviću podneo ostavku i potom je, kako je ispričao, objavio preko medija - agencije Beta.

"Vlada je kasnije oformila komisiju da utvrdi prave razloge zbog kojih je izbio protest, ali izveštaj je izostao. Da je Vlada tada uradila svoj posao do kraja premijer Đinđić bi možda danas bio živ, rekao je Mjatović.

Mijatović je 26. januara 2001. došao iz penzije (posle dve godine) na mesto zamenika načelnika resora DB-a na poziv Gorana Petrovića i na to mesto ga, kako je rekao, nije postavila Vlada, već ministar unutrašnjih poslova Dušan Miajlović.

Pobuna JSO je okončana ostavkom Petrovića i Mijatovića i stavljanjem JSO pod kontrolu vlade, a ne više DB-a.

Na optuženičkoj klupi su bivši komadanti JSO Milorad Ulemek, Zvezdan Jovanović i Dušan Maričić.

Oni su dovedeni iz požarevačkog zatvora u kome izdržavaju maksimalne kazne zbog najtežih krivičnih dela, među kojima je i ubistvo premijera Đinđića.

Petorica optuženih Veselin Lečić, Dragoslav Krsmanović, Dragiša Radić, Vladimir Pocić i Mića Petraković doći će u sud sa slobode, pošto su pušteni iz pritvora krajem novembra 2012. godine.

Optuženima se stavlja se na teret izvršenje krivičnog dela oružana pobuna iz tada važećeg Krivičnog zakona SRJ.

U optužnici se navodi da je od 9. do 17. novembra 2001. godine JSO otkazala poslušnost komandi, povukla svoje pripadnike u centar u Kuli, prekinula komunikacije s komandom i u više navrata odbila zahteve načelnika resora, ministra unutrašnjih poslova i premijera Đinđića, da prekine sa pobunom.

Istovremeno, operativni deo Jedinice borbenim vozilima i naoružanim ljudstvom u dva navrata je blokirao autoput.  Prvi put je to učinjeno 10. novembra na autoputu Novi Sad-Subotica u blizini Vrbasa, a drugi put 12. novembra blokadom autoputa kroz Beograd kod Centra "Sava".

Na taj način je, kako se navodi u optužnici, veoma jasno iskazana spremnost Jedinice za primenu nasilja ukoliko se ne prihvate njeni ultimativni zahtevi za smenu tadašnjeg ministra policije Mihajlovića, načelnika resora DB-a Petrovića i njegovog zamenika Mijatovića.

Takvim postupanjem Jedinice bili su neposredno ugroženi bezbednost i ustavni poredak zemlje, navodi se u optužnici.