Rektor i četiri prorektora biraju se za školsku 2015/16, 2016/17. i 2017/18. godinu, i prema proceduri, fakulteti imaju rok da pošalju predloge sa obrazloženjem do 31. marta, a za prorektore do 6. maja. 

Nakon što komisija utvrdi listu kandidata za rektora, fakulteti i instituti će do 30. aprila moći da daju podrške. 

Predlog kandidata za rektora utvrđuje Senat, a Savet ga bira na sednici koja je predviđena za kraj maja.

Aktuelni rektor prof. dr Vladimir Bumbaširević proveo je jedan mandat na toj poziciji i prema zakonu ima pravo da se još jednom kandiduje.

Zakon o visokom obrazovanju predviđa da isto lice može biti birano za organ poslovođenja visokoškolske ustanove najviše dva puta uzastopno, što je izazvalo različita tumačenja i polemike u javnosti. Nedavno je i samo Ministarstvo prosvete, dopisom fakultetima i univerzitetaima, podsetilo na ovu zakonsku odredbu.

Prorektore takođe bira Savet ali na predlog rektora, i to iz kruga kandidata koje predlože fakulteti, pri čemu treba da se vodi računa o zastupljenosti sve četiri grupacije fakulteta.

Univerzitet u Beogradu je od 1838. iz vremena Liceja, preko Velike škole, imao više od 60 rektora i samo je u jednom slučaju tom ustanovom rukovodila žena, prof. dr Marija Bogdanović, od 2000. do 2004. godine.