Prvo je konzervirana unutrašnjost bazilike, a preko su stavljena geotermalna platna i na kraju pesak.

Prema rečima meštanina Crvene Reke Zorana Cvetkovića, buldožerima je zatrpana sama bazilika, a verovatno do kraja dana ili sutra biće zatrpan ceo kompleks.

"Ironija je slaviti Milanski edikt i praviti 17 česama u Nišu, i da se gotovo u isto vreme zatrpava i uništava ovako vredan spomenik poput ranohrišćanske bazilike kod Crvene Reke, na mestu zvanom Kladenčište", rekao je Cvetković za portal Pirotske vesti.

Svi apeli, kao i protest koji je pre nekoliko dana organizovan pored same bazilike sa ciljem da se spreči njeno zatrpavanje nisu bili dovoljni da se nadležni smiluju i sačuvaju za buduća pokolenja ovaj vredan arheološki nalaz.

Svoj protest iskazao je i patrijarh Irinej koji je u pismu javnosti naveo da ne treba uništavati baziliku koja predstavlja veoma značajan dokaz i svedočanstvo postojanja i kontinuiteta hrišćanske vere na ovim prostorima.

U niškom Zavodu smatraju da zatrpavanje predstavlja praktično uništenje ovog veoma značajnog arheološkog otkrića koje bi moglo veoma lako da postane prava turistička atrakcija.

Sa druge strane, Republički zavod iz Beograda smatra da će se zatrpavanjem bazilika ipak sačuvati za buduća pokolenja i da bi bazilika, u neka bolja vremena, mogla da se ponovo otkopa, s obzirom da je obeležena u arheološkim mapama i postane dostupna javnosti.

Odluku o zatrpavanju bazilike osudilo je i Srpsko arheološko društvo.

Bazilika se nalazi na novoj trasi Koridora 10 prema bugarskoj granici.