Enklava je formalno bila pod zaštitom UN, a po ulsaku Vojske RS tu je izvršen genocid nad stanovništvom.

Napad na Srebrenicu počeo je 6. jula 1995. i završio se pet dana kasnije ulaskom VRS pod komandom generala Ratka Mladića u grad. Holandski bataljon UN bio je stacioniran u enklavi u vreme napada srpskih snaga.

Mladić je tada televiziji sa Pala izjavio da se nalazi u "srpskoj Srebrenici", da grad "predaje srpskom narodu" i da je "došlo vreme za osvetu Turcima" na tom prostoru.

Prema optužnicama Haškog tribunala, vojnici pod komandom generala Mladića su do 19. jula organizovano i sistematski ubili oko 8.000 muslimanskih muškaraca i dečaka. Oko 30.000 žena i dece deportovano je za dva dana.

U izveštaju holandskih stručnjaka, objavljenom 10. aprila 2002. i u kome se navode rezultati istraživanja okolnosti pada Srebrenice tokom rata u BiH, ocenjeno je da holandska vlada i UN snose deo odgovornosti za masakr muslimana 1995. godine. Nakon toga holandska vlada i načelnik Generalštaba holandske vojske podneli su ostavke.

U novembru 2004. vlada RS uputila je izvinjenje porodicama Bošnjaka stradalim u Srebrenici konstatujući da se u Srebrenici desio "zločin velikog obima". U izveštaju vladine Komisije za Srebrenicu navedeno je da je tokom ofanzive srpskih snaga na tadašnju "zaštićenu zonu" u julu 1995. ubijeno 7.800 Bošnjaka.

Za genocid u Srebrenici 1995. optuženi su vođe bosanskih Srba Radovan Karadžić i general Ratko Mladić. Karadžić je uhapšen 21. jula 2008, nakon 13 godina skrivanja, a Mladić u maju 2011, posle 16 godina skrivanja, i njima je u toku suđenje pred Haskim tribunalom za ratne zločine.

U decembru 2012. Haški tribunal je osudio generala Zdravka Tolimira, bivšeg pomoćnika Ratka Mladića i ratnog šefa obaveštajne službe Glavnog štaba VRS, na doživotnu kaznu zatvora, proglasivši ga krivim za genocid nad muslimanima iz Srebrenice.

Žalbeno veće Haškog tribunala oslobodilo je, 28. februara ove godine, bivšeg načelnika Generalštaba Vojske Jugoslavije Momčila Perišića optužbi za pomaganje i podržavanje zločina nad Muslimanima u BiH 1993-95. i nad Hrvatima u Hrvatskoj. Perišić je u prvostepeno bio osuđen na 27 godina zatvora.

Isto veće Haškog tribunala oslobodilo je 30. maja ove godine i bivšeg načelnika službe državne bezbednosti Srbije Jovicu Stanišića i njegovog pomoćnika Franka Simatovića krivice za zločine nad nesrbima tokom rata u Hrvatskoj i BiH.

Za genocid na srebreničkim mulimanima Haški tribunal je, u junu 2010. osudio bivše oficire VRS Vujadina Popovića i Ljubišu Bearu na kaznu doživotnog zatvora. Istovremeno su osuđena i ostala petorica oficira vojske i policije RS: Drago Nikolić na 35 godina zatvora, Ljubomir Borovčanin na 17, Vinko Pandurević na 13, Radivoje Miletić na 19 i Milan Gvero na pet godina zatvora.

Za zločin u Srebrenici prvi je osuđen Dražen Erdemović, pripadnik diverzantskog odreda VRS, koji je bio pod komandom Mladićevog Glavnog štaba.

Erdemović je osuđen u martu 1998. na pet godina zatvora, na osnovu priznanja da je učestvovao u masovnoj egzekuciji muslimana iz Srebrenice 16. jula 1995. na poljoprivrednom dobru Branjevo kod Pilice. Prema njegovoj proceni, toga dana na tom mestu ubijeno je oko 1.200 muškaraca i dečaka.

General VRS Radislav Krstić osuđen je 2001. na 46 godina zatvora za genocid u Srebrenici, a četiri godine kasnije kazna mu je smanjena na 35 godina zatvora za pomaganje i podržavanje genocida.

Bila je to prva presuda Haškog tribunala za genocid.

General Krstić je u vreme zločina bio zamenik, a potom i komandant Drinskog korpusa VRS. Sudije su ocenile da je dokazano da je general Krstić preuzeo komandu korpusa 13. jula 1995. i da su jedinice Drinskog korpusa i jednice Glavnog štaba VRS, od 13. do 19. jula 1995, ubile između 7.500 i 8.000 muslimanskih muškaraca i dečaka.

Krstić je tokom suđenja imenovao Ratka Mladića i još petoricu oficira kao odgovorne za masakr muslimana u Srebrenici.

Za zločine u Srebrenici Tribunal u Hagu osudio je i bivše oficire VRS Momira Nikolića na 27 godina zatvora, Vidoja Blagojevića na 18, Dragana Obrenovića na 17 i Dragana Jokića na devet godina zatvora.

U znak sećanja na ubijene Bošnjake, u Potočarima kod Srebrenice izgrađen je Memorijalni centar, koji je zvanično otvorio bivši predsednik SAD Bil Klinton 20. septembra 2003. godine.

Na groblju u sklopu Memorijalnog centra, sahranjuju se posmrtni ostaci identifikovanih žrtava. Iz masovnih grobnica do sada je identifikovano i pokopano 5.137 osoba.

Komemoraciji povodom desetogodišnjice obeležavanja tog zločina, 2005, prisustvovalo je više od 50 predstavnika država i međunarodnih organizacija, među kojima je bio i predsednik Srbije Boris Tadić.

Komemoraciji nije prisustvovala tadašnja glavna tužiteljka Haškog tribunala Karla del Ponte u znak protesta što su glavni osumnjičeni i dalje bili na slobodi, Radovan Karadžić i Ratko Mladić.

Početkom jula 2006. Vlada Srbije osudila je sve ratne zločine u jugoslovenskim ratovima, među kojima su posebno pomenuti zločini nad muslimanima u Srebrenici i Srbima u Bratuncu.

Četiri godine kasnije Skupština Srbije usvojila je Deklaraciju kojom se osuđuje zločin nad bošnjačkim stanovništvom Srebrenice u julu 1995, na način utvrđen presudom Međunarodnog suda pravde.

Međunarodni sud pravde u Hagu je 2007. doneo presudu prema kojoj je u Srebrenici počinjen genocid.

Rezolucije o Srebrenici kojima se potvrđuje ta odluka Međunarodnog suda pravde doneli su parlamenti zemalja EU, Kanada, SAD i Australija.

Odlukom Evropskog parlamenta, iz januara 2009, 11. jul je proglašen Danom sećanja na genocid u Srebrenici.

Državni parlament BiH proglasio je 11. jul danom sećanja u Federaciji BiH, ali ne i na teritoriji cele države, zbog protivljenja poslanika RS.

Uoči obeležavanja 15. godišnjica masakra u Srebrenici Skupština RS odbila je da usvoji rezoluciju kojom se osuđuje taj zločin.