Optužnica je podignuta zbog sumnje da je počinio ratni zločin protiv civilnog stanovništva u maju 1945.

Optužnicom se Boljkovac tereti da je od 7. maja do sredine juna 1945. godine u Dugoj Resi, kao šef komisije Odeljenja zaštite naroda (Ozna) za grad i Kotar Karlovac, pod optužbama da su sarađivali s ustaškim vlastima naredio hapšenje i dovođenje većeg broja civila s područja Duge Rese i okolnih mesta u zatvor u podrumu zgrade Povereništva Ozne.

Kako je saopštilo tužilaštvo, uhapšeni, šest poznatih i 14 zasad nepoznatih osoba, ispitivani su tokom više dana i potom odvođeni, ubijani i zakopani na predelu Vidanka Curak, dok se jedan muškarac usprotivio odvođenju, pa je ubijen hicima iz vatrenog oružja kod železničke pruge u Dugoj Resi.

Mesec dana uoči parlamentranih izbora krajem 2011, policija je uhapsila Josipa Boljkovca zbog sumnje da je počinio ratni zločin protiv civilnog stanovništva u maju 1945.

U javnosti se njegovo hapšenje tumačilo kao deo predizborne kampanje Hrvatske demokratske zajednice, koja je tada bila ozbiljno pogođena brojnim aferama poput sudskih postupaka protiv njenog nekadašnjeg čelnika i premijera Ive Sanadera.

Boljkovac je javno podržao tada opozocionu, a danas vladajuću koaliciju levog centra na čelu sa Socijaldemokratskom partijom.

Posle njegovog hapšenja, policija je potvrdila da se protiv Boljkovca već dugo vodi istraga, kao i protiv tadašnjeg člana Ozne Josipa Manolića, koji je 90-ih godina bio hrvatski premijer, kao i protiv partizanskog komandanta, generala Rade Bulata.

Boljkovac je više puta u medijima obacio optužbe, navodeći da se istragom protiv njega želi skrenuti pažnja sa važnijih tema u zemlji.

Ustavni sud je krajem 2011. ukinuo odluku zagrebačkog Županijskog suda o pokretanju istrage i određivanju pritvora protiv Boljkovca zbog sumnje da je počinio ratni zločin 1945.