Trajkovski i šest članova makedonske delegacije, koji su bili na putu za Mostar, poginuli su 26. februara 2004. godine u avionskoj nesreći.
Komisija za ispitivanje uzroka nesreće, koju je formirao tadašnji Savet ministara BiH, zaključila je da je uzrok pada aviona bila "proceduralna greška pilotske ekipe u fazi sletanja na Mostarski aerodrom, koja je dovela do toga da avion udari u Matića brdo".
Međutim, advokat porodica nekih poginulih tvrdio je da je na Trajkovskog izvršen atentat, a da su ostali članovi delegacije i posade kolateralna šteta.
Glavni istražitelj međunarodnog tima i predsednik Komisije za vazduhoplovstvo pri Ministarstvu saobraćaja i komunikacija Bosne i Hercegovine Omer Kulić, potvrdio je ranije da je nedavno završena nova istraga o padu aviona Vlade Makedonije.
Komisija zadužena za obnovljenu istragu avionske nesreće predstaviće svoje nalaze u Skoplju u martu ili aprilu ove godine.
Rezultati istrage će, kazao je Kulić, najprije biti dostavljeni tužiocu Tužilaštva Bosne i Hercegovine.