Čeku je rodjen u selu Ćuška, nedaleko od Peći 1960. godine. Završio je Srednju vojnu školu i dve godine Vojne akademiju u bivšoj SFRJ, da bi potom kao artiljerac bio u Vojnoj akademiji u Zadru.
Odatle je 1991. dezertirao iz tadašnje JNA i priključio se hrvatskom Zboru narodne garde, gde je komandovao artiljerijskom jedinicom u Zadru.

U februaru 1992. godine postavljen je za komandanta Masleničke borbene divizije, a potom antitenkovske divizije i Gospićkog garnizona. Generalski čin kod tadašnjeg predsednika Hrvatske Franje Tudjmana stekao je u akciji hrvatskih vojno-policijskih snaga "Spržena zemlja", u septembru 1993. godine u Medačkom džepu.

Tada je bio na funkciji načelnika artiljerije u 9. gardijskoj brigadi "Vukovi" kojom je zapovedao Mirko Norac, haški optuženik. Zajedno s Norcem, ušao je jednom prilikom u minsko polje i tada su obojica ranjena.

Čeku je i u akciji hrvatske vojske "Oluja", 1995. godine, dao "puni doprinos" etničkom čišćenju više od 250.000 Srba u Hrvatskoj. Kako je objavio zagrebački "Večernji list" 6. septembra 2000. godine, posle akcije "Oluja" Tudjman je Čekuu dodelio čin stožernog brigadira i više puta je odlikovan.
Kada su izbili sukobi terorističke OVK s jugoslovenskim i srpskim snagama bezbednosti na Kosmetu, početkom 1998. godine, Čeku dolazi na Kosovo i Metohiju, da bi preuzeo komandu nad OVK.

Dolazak medjunarodnih snaga na Kosmet, u junu 1999, Čeku je dočekao kao načelnik štaba OVK, a kada je upravu nad Kosovom preuzeo UNMIK, Čeku postaje načelnik KZK.

Još u januaru 2001. godine, Tužilaštvo Haškog tribunala obelodanilo je da je otvorilo istragu protiv četvorice srpskih vojnih i policijskih generala, ali i najavilo da priprema optužnice i protiv nekih Albanaca. Nezvanično se pominjalo da je reč o Čekuu, Hašimu Tačiju i Ramušu Haradinaju.

Vodju bivše OVK Agima Čekua pravosudje Srbije tereti za genocid nad srpskim narodom u Hrvatskoj i na Kosmetu.

Na osnovu medjunarodne poternice Okružnog suda u Nišu iz 2002. godine, Čeku je kao komandant KZK dva puta hapšen - u Ljubljani oktobra 2003. i Budimpešti marta 2004. godine, ali je oba puta pušten na intervenciju tadašnjeg šefa UNMIK-a Harija Holkerija.

Predsednik Demohrišćanske stranke Srbije i bivši ministar prevde Srbije Vladan Batić, 29. maja 2005. uputio je otvoreno pismo tužiocu Haškog tribunala Karli del Ponte, u kojem je poziva da hitno podigne optužnicu protiv Čekua, "jer se radi o jednom od najvećih ratnih zločinaca u Evropi posle Drugog svetskog rata".

Batić je podsetio da je kao ministar pravde u vladi Zorana Djindjića dostavio Del Ponteovoj "obilje dokaza koji nedvosmisleno potvrdjuju odgovornost Čekua, danas generala i komandanta tzv. Kosovskog zaštitnog korpusa".

(Tanjug)