Siniša Mihajlović preminuo je u 54. godini posle duge borbe sa teškom bolešću i čitava Italija, kao i Srbija, oplakuje odlazak velike fudbalske legende. U toj zemlji proveo je 30 godina, ostao je upamćen po "Božijoj levici", neponovljivo snažnoj i preciznoj levoj nozi, po golovima, ratničkom karakteru, velikom srcu i igračkim i trenerskim uspesima. Takođe, uz njegove ime decenijama se "vukla" i jedna kontroverza - o Mihinom odnosu sa Željkom Ražnatovićem Arkanom, bivšem komandantu paravojske "Tigrovi", ubijenom u Beogradu u januaru 2000.
U vreme Arkanove smrti, Mihajlović je igrao za Lacio i na jednoj od prvih utakmica posle ubistva u Interkontinentalu, na stadionu Olimpiko, navijačka grupa Sinišinog kluba "Iridućibili" ("Nepobedivi") istakla je transparent u Arkanovu čast. Na tom transparentu pisalo je: "Počast tigru Arkanu".
Mihajlović je bio na terenu i iako nikad nije potvrđeno da je on "naručio" taj transparent, zauvek su ga dovodili u vezu sa njim. I nije bilo većeg intervjua u kojem Mihu nisu ispitivali za njegovo poznanstvo sa Arkanom, koji je ga je devedesetih zvao i iz ratom zahvaćenog Vukovara, kada je zarobio Mihajlovićevog ujaka, Hrvata.
"Govorite o zločinima, ali niste bili tamo. Ja sam rođen u Vukovaru, gde su Srbi manjina. Tokom 1991. godine tamo je vođena hajka na Srbe. Ljudi koji su živeli godinama zajedno pucali su jedni na druge. Arkan je došao da brani Srbe u Hrvatskoj. Njegovi ratni zločini se ne mogu opravdati, oni su užasni, ali šta nije užasavajuće u vezi sa građanskim ratom?... Bio mi je prijatelj, bio je vođa navijača Zvezde i ja se ne odričem prijatelja", rekao je Mihajlović u jednom intervjuu o Ražnatoviću.
Kada je u pitanju transparent, Mihajlović je sa godinama postajao sve nervozniji kada bi govorio o tome, jer je uvek iznova morao da objašnjava da nema veze sa tim. "To nema veze sa mnom, ne znam koliko puta to moram da ponovim. To je bila ideja navijača Lacija, kojoj sam se protivio. Nisam to nikako želeo i otišao sam do predsednika kluba, tražeći sastanak sa vođama navijača. Oni su došli i obećali su da to neće istaći, ali ipak jesu i zbog toga sam sa njima ušao u veliki sukob", rekao je Mihajlović o ovom transparentu u intervjuu za "Sportske novosti".
Na navedenoj utakmici Lacio - Bari, odigranoj 30. januara 2000, u ekipi domaćih bio je i hrvatski napadač i reprezentativac, Alen Bokšić. On je novinarima priznao da mu je pozlilo kada je video da navijači podižu transparent i posvećuju ga Arkanu. "Loše mi je, veoma mi je loše. Takođe sam razočaran jer takva poruka dolazi od mojih navijača. Odali su priznanje čoveku za koga ceo svet smatra da je ratni kriminalac i da je činio zločine protiv mog naroda. Oni zaista ne shvataju šta rade", citirane su tada Bokšićeve reči.
Sa Mihajlovićem, ipak, nije imao problema. "Pričao sam sa Mihajlovićem o tome, za njega je Arkan bio prijatelj i možda bih i ja uradio isto", takođe je rekao napadač.
I ta situacija bila je zaostavština ratnih devedesetih, tokom kojih je Mihajlovićevo Borovo Selo takođe bio mesto brojnih užasa. Siniša se takođe u jednom intervjuu setio i da je njegovu rodnu kuću srušio njegov nekadašnji najbolji prijatelj, Hrvat. "Bio sam na moru, na Ibici, bili smo Tanjga, Jokan i ja. Zovem kevu kući i čujem puca se... Rekoh joj - smanji televizor, ne čujem te od filma. Ma kakav televizor, to je izbio rat, pucaju ovde. Gde je izbio rat? Pucaju ovde oko kuće ratuju...", nikad nije zaboravio Mihajlović taj razgovor, posle kojeg je uspeo da brzo ubedi roditelje da napuste dom i da se odsele u Srbiju.
"Pod mojim pritiskom, roditelji su spakovali najnužnije stvari i doselili se u Beograd. Priključio nam se i brat Dražen. Posle je do nas stigla vest da je naša kuća u Borovu minirana i da je neko ispalio metak u moju sliku na zidu. U tom groznom činu bilo je određene simbolike, poruka je bila više nego jasna. Ko je mogao da baci bombu na našu kuću? Ko je i zašto pucao u moju i Draženovu sliku? Ta pitanja su me proganjala dok napokon nisam saznao istinu. To je učinio Stipe, jedan od mojih najboljih drugova iz detinjstva, kojeg sam doživljavao kao brata. Videli smo se 2000. godine u Zagrebu. Došao je u hotel i pitao me da li sve znam. Priznao mi je da je zapalio kuću, ali i spasao moje roditelje. Oprostio sam mu...", napisano je u knjizi o Mihinom životu, autora Miroslava Gavrilovića.