Đinđić je bio prvi premijer Srbije posle pada režima Slobodana Miloševića 2000. godine i dolaska na vlast Demokratske opozicije Srbije (DOS). Vlada na čijem je čelu bio izabrana je 25. januara 2001. godine.

Za vreme njegovog mandata pokrenut je proces demokratizacije društva i korenitih ekonomskih i socijalnih reformi u Srbiji.

Prema oceni zapadnih diplomata, Đinđić je doprineo izgradnji dobrih odnosa sa svim zapadnim zemljama, posebno sa SAD, nakon perioda višegodišnje nestabilnosti.

Đinđićeva vlada se snažno zalagala za saradnju s Haškim tribunalom za ratne zločine i za vreme te vlade uhapšeno je i izručeno tom sudu nekoliko haških optuženika, među kojima je i bivši predsednik Srbije i SRJ Slobodan Milsosević.

U obraćanju poslanicima u Skupštini Srbije u januaru 2001, po izboru članova njegovog kabineta, Đinđić je poručio da nova vlada želi da od Srbije napravi "demokratsku civilizaciju, odnosno da uspostavi osnovne demokratske temelje" države.

Đinđić je probleme Kosova i juga Srbije video i prihvatao kao "nasleđene", one koje je napravila prethodna vlast koja, kako je ocenio, "nije umela da probleme rešava političkim sredstvima".

"Prepustite nama našu šansu da probamo na naš način. Mi hoćemo novu politiku, da drugim sredstvima rešimo probleme koje vi niste rešili. Od ekonomije do Kosova problemi su katastrofalni, ali ste ih vi napravili. Od ekonomije do Kosova, sve sami porazi", rekao je Đinđić obraćajući se poslanicima Socijalističke partije Srbije (SPS) i Srpske radikalne stranke (SRS) koji su kritikovali program nove vlade.

"Želimo da pokušamo da uspostavimo vezu između Srbije i Kosova, odnosno Albanaca i Srbije i da Srbija ima neki uticaj na Kosovu i da pokušamo da pojačamo taj uticaj", poručio je Đinđić.

Na primedbe da nije patriota, on je odgovarao oštro: "Za mene je patriotizam da moja deca ostanu da žive u mojoj zemlji, da govore maternji jezik, a da ne moraju da idu po belom svetu trbuhom za kruhom. Patriotizam je to da cene moju zemlju, da ja sa svojim pasošem mogu da idem ponosno preko bilo koje granice. Za taj patriotizam će se ova vlada zalagati i mi smo u ovom smislu velike patriote".

Đinđić je jedan od osnivača Demokratske stranke (DS) u kojoj je bio predsednik Izvršnog odbora, a od januara 1994. do ubistva predsednik DS.

Nakon njegovog ubistva za lidera DS izabran je Boris Tadić, a od novembra 2012. na čelu DS je Dragan Đilas, tada gradonačelnik Beograda u drugom mandatu.

Posle opštih izbora u maju 2012. DS po prvi put nakon pada režima Slobodana Miloševića nije deo republičke vlasti.

Đinđić je bio prvi, posle 1945. godine, nekomunistički gradonačelnik Beograda, izabran u februaru 1997. ispred koalicije "Zajedno". Na toj dužnosti je bio sedam meseci kada je smenjen na zahtev koalicionog partnera SPO.

Bio jedan od veterana srpske opozicije i jedan od najistaknutijih lidera Demokratske opozicije Srbije (DOS), koja je porazila režim Slobodana Miloševića na saveznim i republičkim izborima 2000. godine.

U prvom saopštenju posle ubistva premijera, Vlada Srbije je kao organizatore i počinioce atentata označila kriminalce iz takozvanog zemunskog klana, a kao kolovođe grupe identifikovala nekadašnjeg komandanta raspuštene Jedinice za specijalne operacije (JSO) Milorada Ulemeka Legiju, kao i vođe krinimalnog "zemunskog klana" Dušana Spasojevića Šiptara i Mileta Lukovića Kuma.

Vlada Srbije je, takođe, saopštila da je tog dana trebalo da bude potpisan nalog za hapšenje članova "najveće organizovane grupe na prostoru bivše Jugoslavije", kako je označen zemunski klan.

Đinđić je u jednom od poslednjih intervjua pred ubistvo, a nakon neuspelog atentata 24. februara 2003. na autoputu ispred Beogradske arene, demantovao tvrdnje da je sa takozvanim crvenim beretkama, pripadnicima JSO, sklopljen dogovor da 5. oktobra 2000. pomognu u zbacivanju Slobodana Miloševića u zamenu za "neko pravo iznad zakona".

Nekoliko sati nakon ubistva Đinđića proglašeno je vanredno stanje u zemlji, koje je trajalo do 22. aprila, kada je ukinuto na predlog Vlade Srbije.

Đinđić je sahranjen 15. marta u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, uz prisustvo više od 70 stranih državnih delegacija. U pogrebnoj povorci na ulicama Beograda bilo je više stotina hiljada građana.

U policijskoj akciji "Sablja" uhapšen je atentator na premijera, bivši pomoćnik komandanta JSO Zvezdan Jovanović njegovi pomagači i još nekoliko pripadnika JSO, kao i većina pripadnika zemunskog i drugih kriminalnih grupa u zemlji i rasvetljena neka nerazjašnjena ubistva iz proteklih godina.

U avgustu 2003. podignuta je optužnica protiv 44 osobe a učešće u ubistvu premijera Đinđića, a prvi na listi okrivljenih, Milorad Ulemek Legija, predao se srpskim vlastima 2. maja 2004. godine, nedugo posle izbora Vojislava Koštunice za premijera, a nakon 14 meseci skrivanja.

Suđenje optuženima za ubistvo premijera Đinđića počelo je 22. decembra 2003. godine u Okružnom sudu u Beogradu - Odeljenje za borbu protiv organizovanog kriminala. Oni su 23. maja 2007. oglašeni krivim i prvostepenom presudom osuđeni na ukupno 378 godina zatvora.

Šetnje za Zorana

Povodom godišnjice ubistva premijera Đinđića Demokratska stranka danas će održati šetnju i predizborni skup na Trgu Republike. Miting počinje u 18 časova na Trgu Republike, a potom će biti održana šetnja medijskom trasom: Kolarčeva, Terazije, Trg Nikole Pašića, Takovska, Svetogorska, Makedonska, Trg Republike. Liberalno demokratska stranka danas obustavlja predizbornu kampanju, a održaće tradicionalnu šetnju "Za Zorana". Kolona će krenuti iz Simine ulice 41 u 11 časova.

Za organizovanje ubistva premijera na 40 godina zatvora osuđen je bivši komandant "crvenih beretki" Milorad Ulemek. Na istu kaznu osuđen je i Zvezdan Jovanović, neposredni izvršilac ubistva i bivši Ulemekov zamenik. Te presude potvrdio je i Vrhovni sud Srbije 29. decembra 2008. godine.

Potvrđene su presude na 35 godina zatvora i ostalim pripadnicima zemunskog klana i bivše JSO (Aleksandar Simović, Vladimir Milisavljević Budala, Ninoslav Konstantinović), izuzev Sretku Kaliniću kome je presuda preinačena sa 35 na 30 godina.

Na 30 godina osuđeni su Miloš Simović, Milan Jurišić Jure i bivši radnik BIA Branislav Bezarević, dok je bivši pripadnik JSO Saša Pejaković osuđen na osam godina zatvora. Željku Tojagi Žmigiju kazna je smanjena sa 30 na 15 i Dušanu Krsmanoviću sa 30 na 20 godina zatvora.

Vladimir Milisavljević Budala, Sretko Kalinić, Milan Jurišić, Ninoslav Konstatinović i Miloš Simović osuđeni su u odsustvu, jer su bili u bekstvu.

U junu 2010. u Zagrebu je ranjen Sretko Kalinić, koga su, posle oporavka, hrvatske vlasti izručile Srbiji. Na njega je pucao, takođe, odbegli član zemunskog klana Miloš Simović, koji je ubrzo uhapšen u pokušaju ilegalnog prelaska granice između Srbije i Hrvatske i upućen u Zabelu na izdržavanje zatvorske kazne.

Vladimir Milosavljević Budala uhapšen je 9. februara 2012. godine u Španiji zajedno sa još trojicom, među kojima je i Luka Bojović, osumnjičen za više ubistava.

Pripadnik zemunskog klana Dejan Milenković Bagzi, optužen za učešće u ubistvu Đinđića, posle višemesečnog skrivanja uhapšen je u Grčkoj sredinom jula 2004, a sedam meseci kasnije izručen je vlastima u Beogradu. U procesu optuženima za ubistvo srpskog premijera Milenković je bio svedok saradnik.

Predsedavajuća veća sudija Nata Mesarović rekla je u obrazloženju da je najteže saznanje da je predsednika vlade mogla da ubije organizovana, kriminalna, neprijateljska organizacija.

Ubistvo Đinđića je političko ubistvo upereno protiv države u kome je učestvovao kriminalizovani deo JSO i banda Dušana Spasojevića, navela je sudija Mesarović.

Politička pozadina ubistva Đinđića još nije otkrivena.