Đinđić je bio prvi premijer Srbije posle pada režima Slobodana Miloševića 2000. godine i dolaska na vlast Demokratske opozicije Srbije (DOS). Vlada na čijem je čelu bio, izabrana je 25. januara 2001. godine.

Za vreme njegovog mandata pokrenut je proces demokratizacije društva i korenitih ekonomskih i socijalnih reformi.

Po oceni zapadnih diplomata, Đinđić je doprineo izgradnji dobrih odnosa sa svim zapadnim zemljama, posebno sa SAD, nakon perioda višegodišnje nestabilnosti.

Đinđićeva vlada se snažno zalagala za saradnju s Haškim tribunalom za ratne zločine i za vreme te vlade uhapšeno je i tom sudu izručeno nekoliko optuženika, među kojima i bivši predsednik Srbije i SRJ Slobodan Milošević.

U govoru poslanicima Skupštine Srbije januara 2001, Đinđić je poručio da nova vlada želi da od Srbije napravi "demokratsku civilizaciju, odnosno da uspostavi osnovne demokratske temelje" države.

Đinđić je probleme Kosova i juga Srbije video i prihvatao kao "nasleđene", one koje je napravila prethodna vlast koja, kako je ocenio, "nije umela da probleme rešava političkim sredstvima".

"Prepustite nama našu šansu da probamo na naš način. Mi hoćemo novu politiku, da drugim sredstvima rešimo probleme koje vi niste rešili. Od ekonomije do Kosova problemi su katastrofalni, ali ste ih vi napravili. Od ekonomije do Kosova, sve sami porazi", rekao je Đinđić obraćajući se poslanicima Socijalističke partije Srbije (SPS) i Srpske radikalne stranke (SRS) koji su kritikovali program njegove vlade.

"Želimo da pokušamo da uspostavimo vezu između Srbije i Kosova, odnosno Albanaca i Srbije, i da Srbija ima neki uticaj na Kosovu i da pokušamo da pojačamo taj uticaj", poručio je Đinđić.

Na primedbe da nije patriota, on je odgovarao oštro: "Za mene je patriotizam da moja deca ostanu da žive u mojoj zemlji, da govore maternji jezik, a da ne moraju da idu po belom svetu trbuhom za kruhom. Patriotizam je to da cene moju zemlju, da ja sa svojim pasošem mogu da idem ponosno preko bilo koje granice. Za taj patriotizam će se ova vlada zalagati i mi smo u ovom smislu velike patriote".

Bio jedan od veterana srpske opozicije i jedan od najistaknutijih lidera Demokratske opozicije Srbije (DOS) koja je porazila režim Slobodana Miloševića na saveznim i republičkim izborima 2000. godine.

U prvom saopštenju posle ubistva premijera, Vlada Srbije je kao organizatore i počinioce atentata označila kriminalce iz takozvanog "Zemunskog klana", a kao kolovođe grupe nekadašnjeg komandanta raspuštene Jedinice za specijalne operacije (JSO) Milorada Ulemeka - Legiju, i vođe kriminalnog "Zemunskog klana" Dušana Spasojevića - Šiptara i Mileta Lukovića - Kuma.

Vlada Srbije je takođe saopštila da je na dan kada je Đinđić ubijen, trebalo da bude potpisan nalog za hapšenje članova "najveće organizovane grupe na prostoru bivše Jugoslavije", kako je označen "Zemunski klan".

Đinđić je u jednom od poslednjih intervjua pred ubistvo, a nakon atentata 24. februara 2003. na autoputu u Novom Beogradu, demantovao tvrdnje da je s takozvanim crvenim beretkama – pripadnicima JSO, sklopljen dogovor da 5. oktobra 2000. pomognu zbacivanje Miloševića u zamenu za "neko pravo iznad zakona".

Nekoliko sati nakon ubistva Đinđića proglašeno je vanredno stanje koje je u Srbiji trajalo do 22. aprila, kada je ukinuto na predlog Vlade.

Đinđić je sahranjen 15. marta u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, uz prisustvo više od 70 stranih državnih delegacija. U pogrebnoj povorci na ulicama Beograda bilo je više stotina hiljada građana.

POLITIČKA POZADINA UBISTVA OSTALA NEISTRAŽENA

Tokom vanrednog stanja u policijskoj akciji "Sablja" uhapšen je atentator na premijera, bivši pomoćnik komandanta JSO Zvezdan Jovanović njegovi pomagači i još nekoliko pripadnika JSO, kao i većina pripadnika zemunske i drugih kriminalnih grupa, i rasvetljena su neka nerazjašnjena ubistva iz prethodnih godina.

U avgustu 2003. podignuta je optužnica protiv 44 osobe zbog saučesništva u ubistvu premijera Đinđića, a prvi na listi okrivljenih, Milorad Ulemek - Legija se, nakon 14 meseci skrivanja, predao vlastima 2. maja 2004. godine, nedugo posle izbora Vojislava Koštunice za premijera.

Suđenje optuženima za ubistvo premijera Đinđića počelo je 22. decembra 2003. godine u Odeljenju Okružnog suda u Beogradu za borbu protiv organizovanog kriminala. Opruženi su 23. maja 2007. proglašeni krivim i prvostepenom presudom osuđeni na ukupno 378 godina zatvora.

U junu 2010. u Zagrebu je ranjen Sretko Kalinić, koga su hrvatske vlasti potom izručile Srbiji. Na njega je pucao takođe odbegli član "Zemunskog klana" Miloš Simović koji je ubrzo uhapšen u pokušaju ilegalnog prelaska granice između Srbije i Hrvatske i upućen u Zabelu na izdržavanje zatvorske kazne.

Vladimir Milosavljević - Budala uhapšen je 9. februara 2012. godine u Španiji zajedno sa još trojicom, među kojima je i Luka Bojović, osumnjičen za više ubistava.

Pripadnik "Zemunskog klana" Dejan Milenković - Bagzi, optužen za učešće u ubistvu Đinđića, posle višemesečnog skrivanja uhapšen je u Grčkoj sredinom jula 2004. i sedam meseci kasnije izručen vlastima u Beogradu. U procesu optuženima za ubistvo srpskog premijera, Milenković je bio svedok-saradnik.

Predsedavajuća veća sudija Nata Mesarović rekla je u obrazloženju da je najteže saznanje da je predsednika vlade mogla da ubije organizovana, kriminalna, neprijateljska organizacija.

Ubistvo Đinđića je političko ubistvo upereno protiv države, u kojem je učestvovao kriminalizovani deo JSO i banda Dušana Spasojevića, navela je sudija Mesarović.

Politička pozadina ubistva Đinđića još nije otkrivena.