Tokom svog pontifikata, papa Franja nastojao je da izgradi dijalog sa SPC i srpskim narodom. Prilikom posete Sarajevu 2015. godine, istakao je važnost mira među Srbima, Hrvatima i Bošnjacima, naglašavajući potrebu za međusobnim poštovanjem.
Predsednik Srbije Aleksandar Vučić, nakon susreta sa papom, istakao je da je Franja u više navrata naglasio koliko ceni tadašnjeg patrijarha Irineja. Sam papa je u jednom intervjuu nazvao Irineja "velikim patrijarhom" i naglasio da je njegovo mišljenje bilo ključno u donošenju odluke o Stepincu.
I bivši predsednik Tomislav Nikolić i sadašnji predsednik Vučić zahvalili su mu na nepriznavanju Kosova i pozvali ga da poseti Srbiju. Ipak, poseta nije realizovana.
Nasleđe pape Franje u odnosima Srbije i Vatikana
Papa Franja će među Srbima biti upamćen kao pontifik koji je pokazao razumevanje za istorijske rane srpskog naroda. Njegova odluka da uspori Stepinčevu kanonizaciju i principijelni stav po pitanju Kosova doprineli su poboljšanju odnosa Vatikana i Srbije.
Iako nije načinio dramatične korake, njegova politika dijaloga i uvažavanja pravoslavnog stava stvorila je prostor za buduću saradnju. Njegov pontifikat obeležio je oprezan, ali primetan pomak ka boljem razumevanju između dve crkve.
Odnos Hrvata prema papi Franji
Hrvati i Srbi na Franju gledaju različito: crkvene strukture unutar Hrvatske biskupske konferencije, manje više negoduju jer je zaustavio kanonizaciju zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca, dok je, pak je SPC zahvalna zbog toga.
Papa Franja se molio za žrtve nesreće u Novom Sadu
Papa Franja u telegramu upućenom predsedniku Srbije Aleksandru Vučiću rekao da se moli za žrtve nesreće na železničkoj stanici u kojoj je poginulo 14 ljudi.
"Vašoj ekselenciji i vašim sugrađanima upućujem najdublje saučešće, uz uverenje o mojoj duhovnoj bliskosti nakon nedavnog incidenta na novosadskoj železničkoj stanici. U ovom teškom trenutku za naciju, posebno se molim za one koji su poginuli, njihove ožalošćene porodice i povređene", napisao je papa.